De werking van de nieuwe infrastructuur veronderstelt een grensoverschrijdende aanpak op vlak van beheer.

De Frans-Belgische overeenkomst van 1890 en zijn aanhangsel van 1968 regelen momenteel de grensoverschrijdende waterafvoer in het projectgebied. De partners zullen samen met de bevoegde overheden nagaan welke wijzigingen of toevoegingen nodig zijn om de gedeelde afwatering op Canal de Furnes/Kanaal Nieuwpoort-Duinkerke mogelijk te maken.

De partners zullen samen met de bevoegde overheden de bepalingen van de geactualiseerde Frans-Belgische overeenkomst en zijn aanhangsel preciseren in een grensoverschrijdende samenwerkingsovereenkomst waarin tevens de gemeenschappelijke modaliteiten voor dagelijks beheer en werking van de infrastructuur worden vastgelegd.  

Daarenboven zal er een digitaal platform worden ontwikkeld om een maximale informatie-uitwisseling mogelijk te maken tussen waterbeheerders aan beide kanten van de grens. Op die manier wordt het dagelijks beheer vereenvoudigd. Dit zal leiden tot meer transparantie en een betere coördinatie tussen de waterbeheerders.